Los problemas Económicas, son los primeros en aparecer, ya que montar un aula de informática es muy caro, y además trae consigo el problema del mantenimiento y actualización tanto del software como del hardware. El factor Humano es el otro problema ya que se necesita un profesorado adecuado para este tipo de asignatura. Esto es un hecho ya que en muchas universidades americanas la Informática Médica es una especialidad en medicina.
La informática lleva aparejada una problemática especial que no se da en otras asignaturas de la licenciatura: los alumnos acceden a la Universidad con de diferentes grados de conocimiento. Además existe un diferente nivel de penetración de los ordenadores en los hogares Por ello se hace necesaria una evaluación de los conocimientos básicos de informática, que permita adecuar el temario y el aprendizaje.
Existen numerosos estudios realizados realizados en Universidades Europeas y Americanas que evalúan el conocimiento en informática de sus alumnos, pero dada la peculiaridad de esta nueva ciencia no son extrapolables entre diferentes piases ni entre universidades entre si.
